Jak wynika z uzasadnienia do Ustawy przekształceniowej, ustawodawca tworząc przepisy regulujące kwestię odpłatności starał się pogodzić interesy dotychczasowych właścicieli oraz właścicieli nowych. Musiał przy tym uszanować zasadę samodzielności samorządów oraz możliwości uzyskiwania przez nie dochodów z ich majątku. Dlatego też po pierwsze przyjęto, że obowiązkiem płatniczym obciążony jest każdoczesny właściciel nieruchomości w taki sposób, aby płynność wpłat nie została zachwiana. W tym celu, zgodnie z art. 11 ust. 1, w razie zbycia nieruchomości, nowy właściciel jest zobligowany dokonać zapłaty za okres rozpoczynający się od dnia 1 stycznia roku następującego po roku, w którym doszło do ww. czynności prawnej. Po drugie zaś uregulowano, że z tytułu przekształcenia nowy właściciel gruntu ponosi opłatę na rzecz dotychczasowego właściciela, która to opłata jest równa wysokości opłaty rocznej z tytułu użytkowania wieczystego, jaka obowiązywałaby w dniu przekształcenia, a czas jej uiszczania wynosi 20 lat, licząc od dnia przekształcenia (art. 7 ust. 1, 2 i 4). Tym samym sumaryczna kwota, która wpłynie za przekształcenie danej nieruchomości nie będzie odbiegała od średniej kwoty, które Skarb Państwa czy jednostka samorządu terytorialnego uzyskiwały dotychczas przy zastosowaniu zasad przewidzianych w ustawie o gospodarce nieruchomościami, przy jednoczesnym braku wzrostu opłat po stronie beneficjentów przekształcenia. Wyżej wskazana ogólna zasada odpłatności przekształcenia pozwala na prowadzenie postępowań aktualizacyjnych dotyczących rocznych opłat z tytułu użytkowania wieczystego jeszcze w 2018 roku, a w przypadkach wspomnianego wcześniej „opóźnionego przekształcenia” możliwe będzie to również po 1 stycznia 2019 roku. By uniknąć wątpliwości, które mogą pojawić się w związku z ww. postępowaniami w świetle Ustawy przekształceniowej wskazano, że w razie poboru opłaty za użytkowanie wieczyste w trzech progresywnych wysokościach zgodnie z art. 77 ust. 2a ustawy o gospodarce nieruchomościami, dla potrzeb przedmiotowej opłaty brana będzie pod uwagę wysokość naliczana w trzecim roku od aktualizacji. Ponadto, z punktu widzenia omawianej kwestii bardzo istotne są też przepisy przejściowe Ustawy przekształceniowej, które zredagowane na końcu ustawy mogą na pierwszy rzut oka nie być zauważane. Otóż zgodnie z art. 21 postępowania w sprawach aktualizacji opłat rocznych oraz aktualizacji lub ustalania stawek procentowych tych opłat wszczęte i niezakończone przed dniem przekształcenia (z czym będziemy mieli do czynienia ze względu na wdrożenie przez stronę procedury odwoławczej), toczą się nadal po tym dniu na podstawie przepisów dotychczasowych. W tych wypadkach opłatę wnosi się w wysokości odpowiadającej wysokości opłaty rocznej, która obowiązywałaby od dnia 1 stycznia roku, w jakim nastąpiło przekształcenie. Jeśli w wyniku aktualizacji zostanie ustalona nowa wysokość opłaty rocznej z tytułu użytkowania wieczystego, będzie uiszczania od dnia 1 stycznia roku, w którym nastąpiło przekształcenie. W przypadku nadpłaty będzie ona podlegała zaliczeniu na opłaty przyszłe, a w razie niedopłaty – właściciel będzie zobligowany do uzupełnienia różnicy. Co logiczne, inna zasada będzie obowiązywała, jeśli właściciel wniósł opłatę jednorazowo, a ustalona opłata jest niższa niż uiszczona – wtedy właściwy organ zwraca nadpłatę, lecz ustawodawca nie wskazuje terminu na ten zwrot. W związku z tym wydaje się słuszne stosować zasady przewidziane przez Kodeks cywilny. Standardowo opłatę przekształceniową wnosi się w terminie do 31 marca każdego roku, czyli tak jak do tej pory czyniło się to w odniesieniu do opłaty z tytułu użytkowania wieczystego. Wyjątki zostały przewidziane w art. 20 są uzasadnione nieznajomością urzędowo potwierdzonej (w trybie opisanym poniżej) wysokości opłaty w dacie, o której mowa w zdaniu pierwszym. Na wniosek złożony nie później niż 14 dni przed upływem terminu płatności, właściwy organ może rozłożyć opłatę na raty lub wskazać inny termin jej wniesienia, nieprzekraczający jednak danego roku kalendarzowego (art. 7 ust. 5). Podkreślenia wymaga, że decyzja organu w tym zakresie będzie miała charakter uznaniowy, gdyż przepisy Ustawy przekształceniowej w uchwalonym brzmieniu nie przewidują żadnych przesłanek, od których uzależnione byłoby ww. rozstrzygnięcie na korzyść beneficjenta. Wygląda przy tym na to, że pozostawienie swobody organowi było też ostateczną intencją ustawodawcy, gdyż na etapie prac nad ww. aktem prawnym usunięto początkowo wpisane w projekcie okoliczności w postaci przypadków uzasadnionych względami społecznymi lub gospodarczymi, w  szczególności możliwością płatniczą wnioskodawcy, które to okoliczności miały motywować zezwolenie na ratalną spłatę, czy też odroczenie jej terminu. Ponadto, do opłat odpowiednie zastosowanie znajduje art. 12a ustawy o gospodarce nieruchomościami dotyczący umorzeń oraz odroczeń należności, a zatem wprowadzony wachlarz tych mechanizmów jest dość szeroki. Oprócz ww. miesięcznych płatności właściciel gruntu ma prawo w każdym czasie trwania obowiązku płatniczego zgłosić organowi na piśmie zamiar jednorazowego wniesienia opłaty przekształceniowej w kwocie pozostającej jeszcze do spłaty (art. 7 ust. 7). Organ, również pisemnie w ciągu 14 dni informuje o wysokości tej opłaty, a informacja ta –wobec braku innego zaklasyfikowania przez ustawodawcę – trzeba uznać za czynność materialno-techniczną. Rozwiązanie polegające na jednorazowej wpłacie takie jest korzystne dla właściciela dysponującego większą sumą pieniężną z  co najmniej dwóch względów. Po pierwsze – pozwala mu skorzystać z wysokiej bonifikaty, o której będzie mowa w kolejnym akapicie, a po drugie – umożliwia uniknięcie ryzyka waloryzacji opłaty, możliwej z urzędu lub na wniosek właściciela, nie częściej niż raz na 3 lata (art. 10 ust. 1-3). Choć bowiem w teorii wskutek procedury waloryzacyjnej może dojść do zarówno do zwiększenia się, jak i spadku opłaty przekształceniowej, to przynajmniej dotychczasowa praktyka pokazuje, iż wzrost należności jest zdecydowanie bardziej prawdopodobny. Zasada pełnej odpłatności za przekształcenie prawa użytkowania wieczystego w prawo własności doznaje jednak pewnych ograniczeń. Mowa tutaj nie tylko o wcześniej opisanych możliwościach rozłożenia opłaty na raty, czy też jej umorzenia w całości lub w części, ale także o ustawowym zwolnieniu od niej lub też obniżania jej wysokości. Opłaty za przekształcenie nie wnoszą podmioty określone w art. 8 Ustawy przekształceniowej, a katalog ten ma charakter zamknięty. Ustawodawca przewidział także mechanizm bonifikat, które w zależności od okoliczności mogą lub muszą znaleźć zastosowanie. Bonifikata fakultatywna może zostać udzielona osobom fizycznym, będącym właścicielami budynków mieszkalnych jednorodzinnych lub lokali mieszkalnych lub spółdzielniom mieszkaniowym co do opłaty za dany rok, co nastąpi na podstawie zarządzenia wojewody, jeśli grunty stanowiły własność Skarbu Państwa lub na podstawie uchwały właściwej rady albo sejmiki, jeśli grunty należały do jednostki samorządu terytorialnego. W wypadkach szczególnych, opisanych w art. 9 ust. 2 wymagane jeszcze będzie porozumienie w innym odpowiednim organem administracji publicznej. Tym samym podmiotom, które wskazano w  zdaniu poprzedzającym przysługuje także obligatoryjna bonifikata w ustawowej wysokości, jeśli dokonują one wpłaty jednorazowej. Bonifikata ta jest ustalana według zasady, że im szybciej nastąpi jednorazowa wpłata, tym bonifikata odnoszona do wysokości należności będzie większa. Przy ustalaniu wysokości bonifikaty organy nie powinny przy tym patrzeć jedynie na zbiorczą regulację art. 9 ust. 3 Ustawy przekształceniowej, lecz uwzględnić regulację szczególną zawartą w ostatnim zdaniu art. 20 ust. 2 Ustawy. Co jednak szczególnie istotne, omawiana bonifikata dotyczy tylko i wyłącznie gruntów, jakie pozostawały we własności Skarbu Państwa. W sytuacji, kiedy właścicielem nieruchomości była jednostka samorządu terytorialnego bonifikata może być udzielona jedynie na podstawie uchwały właściwej rady lub sejmiku. Takie uregulowanie odpowiada ustrojowej zasadzie samodzielności finansowej i majątkowej samorządów, co nie zabrania jednostkom samorządu terytorialnego w przyszłości wzorować się na regułach określonych przez Ustawę przekształceniową. Czy podmioty te zechcą wprowadzić regulacje analogiczne i tym samym, czy sytuacje nowych właścicieli będą jednakowe w tych okolicznościach – okaże się na przestrzeni czasu. Jeśli tak się nie stanie, poszczególni właściciele zapewne będą mieli poczucie niesprawiedliwości, gdyż to nie od nich zależało w czyjej własności pozostawał grunt, na którym ustanowione było użytkowanie wieczyste. Pisząc o odpłatności z tytułu przekształcenia prawa oraz różnego rodzaju ulgach, bonifikatach czy umorzeniach, trzeba jeszcze wspomnieć o kwestii istotnej dla nowych właścicieli będących przedsiębiorcami. Otóż przepisy ustawy przekształceniowej stosuje się z uwzględnieniem regulacji o pomocy publicznej, a wsparcie przyznane w jej ramach stanowi pomoc de minimis. Warto, aby przedsiębiorcy brali to pod uwagę przy planowaniu swoich inwestycji, gdyż w niektórych przypadkach bardziej korzystne będzie dla nich płacenie opłat rocznych niż zagrożenie przekroczeniem maksymalnych limitów pomocy ze względu na skorzystanie z możliwości Ustawy przekształceniowej.